西原研究施設
西原研究施設は、熱帯生物圏研究センターの発足時には西原研究室として沖縄本島中部に位置する琉球大学千原キャンパスの理学部ビル内に設置されたが、2000 年4 月に新築された理系複合棟に移転し、2014 年4 月に西原研究施設と改称された。

分子生命科学研究施設
亜熱帯沖縄は生物多様性を大きな特色とする生物資源の宝庫であると同時に日本の最南端に位置する地理的特徴をもっている。

瀬底研究施設
瀬底研究施設は沖縄本島西海岸の瀬底島にある。瀬底実験所は1971年に理工学部付属臨海実験所として誕生し、1981年に学内共同利用施設の熱帯海洋科学センターに改組された。

西表研究施設
わが国最大の亜熱帯照葉樹林・マングローブ林を有する西表島に設置されている西表研究施設には、生物資源機能学・植物機能開発学・森林環境資源学の３つの研究分野と生物機能・分類ユニットがあり、日本のマングローブ研究の中心としての重要な役割を担っている。