西表研究施設
わが国最大の亜熱帯照葉樹林・マングローブ林を有する西表島に設置されている西表研究施設には、生物資源機能学・植物機能開発学・森林環境資源学の３つの研究分野と生物機能・分類ユニットがあり、日本のマングローブ研究の中心としての重要な役割を担っている。

西原研究施設
西原研究施設は、熱帯生物圏研究センターの発足時には西原研究室として沖縄本島中部に位置する琉球大学千原キャンパスの理学部ビル内に設置されたが、2000 年4 月に新築された理系複合棟に移転し、2014 年4 月に西原研究施設と改称された。