西原研究施設は、熱帯生物圏研究センターの発足時には西原研究室として沖縄本島中部に位置する琉球大学西原キャンパスの理学部ビル内に設置されたが、2000年4月に新築された理系複合棟に移転し、2014年4月に西原研究施設と改称された。当施設では、琉球列島を中心とした東・東南アジアにおける生物の多様化の歴史の構築とそのメカニズムの解明に取り組んでいる。中でも、琉球列島を中心としたアジア太平洋島嶼域における水生/陸生脊椎動物の多様化/固有化の歴史の再構築とそのメカニズムの解明には特に力を注いでおり、その立地を活かしてアジア太平洋全域をフィールドとした比較研究を進めている。標本の作製・観察のための設備に加えて飼育観察や遺伝的な分析を行うための設備も備え、国内外の研究者と共に生物多様性の研究と教育が進められている。