瀬底研究施設の教員は琉球大学理工学研究科（大学院）を併任しており、前期博士課程（海洋自然科学専攻）と後期博士課程（海洋環境学専攻）の大学院生の研究指導を担当しています。現在、大学院生を募集している研究室は、サンゴ礁生物生態分類学分野の野澤研究室と波利井研究室、サンゴ礁生物機能学分野の高橋研究室と守田研究室です。興味のある方は、各研究室の教員にご連絡ください。
全ての大学院生は、所属研究室に関わらず、同じ部屋に各自のデスクスペースが与えられており、学生同士のコミュニケーションのとりやすい環境となっています。
瀬底研究施設には大学院生用の寮はありませんので、必要に応じてアパート等を探す必要があります。瀬底研究施設から車で5分ほど（歩いて30分ほど）の場所にはスーパー、ドラッグストア、コンビニ、飲食店（食堂・レストラン・カフェ・居酒屋）があります。日常生活に必要なものはほぼ全て揃います。
瀬底研究施設はサンゴ礁をフィールドに持つ我が国唯一の国立大学共同利用・共同研究拠点（熱帯生物圏における先端的環境生命科学共同研究拠点）であるため、多くの研究者が国内外から訪れます。多くの研究者と出会えるのも、瀬底研究施設の魅力の一つです。
